No todo es historia y cultura en este santuario. Machu Picchu alberga una variada y exótica biodiversidad. Esto gracias a su ubicación: entre los andes y la Amazonía peruana, lo que permite que diversas especies puedan desarrollarse. Además, tiene al río Urubamba que lo cruza de este a oeste. Esta área natural es hogar de especies como el zorro andino, puma, vizcacha, oso de anteojos, venado de cola blanca, entre otros. Además de más de 420 especies de aves, en las que destacan el gallito de las rocas y el cóndor andino. Adicionalmente, en Machu Picchu se encuentran alrededor de 377 especies de mariposas, 15 de anfibios y 25 de reptiles, de los cuales 9 son tipos de lagartijas y 16 serpientes. Esta maravilla del mundo moderno cuenta con más de 30 mil hectáreas en las que existen áreas boscosas, montañas escarpadas, picos y nevados. Así como especies de árboles como el aliso, el cedro blanco, la cascarilla, el yanay y el laurel; además de bosques de unca, queñua y t’asta.
